Uno de los problemas más serios que afectan a las chinampas de Xochimilco es la eutrofización. Este fenómeno, causado por el exceso de nutrientes en los canales, resulta en un crecimiento descontrolado de algas y plantas acuáticas, que afecta la calidad del agua y el equilibrio del ecosistema. La principal causa de eutrofización es la contaminación proveniente de asentamientos humanos, donde muchos habitantes carecen de sistemas de drenaje adecuados, lo que provoca que los residuos se viertan directamente en los canales.

Además, la sobreexplotación del agua se ha convertido en un problema crítico. A medida que aumenta la población en la zona, la demanda de agua crece, ejerciendo una presión adicional sobre este recurso ya limitado. Aunque Xochimilco está rodeado de agua, la calidad de esta es cuestionable debido a la falta de tratamiento, lo que genera riesgos para la salud de los consumidores de los productos cultivados en las chinampas.

Las especies invasoras también representan una amenaza significativa. Plantas como el chichicastle y el lirio huachinango, aunque pueden ser utilizadas como abono, afectan negativamente el ecosistema acuático. La tilapia, un pez introducido en la región, excava el suelo de las chinampas, desestabilizando los árboles que son cruciales para la estructura y funcionalidad del sistema agroforestal. Estos árboles no solo proporcionan sombra y soporte a las plantas más pequeñas, sino que también ayudan en la irrigación mediante sus raíces, que absorben y distribuyen el agua de los canales.

Los chinamperos enfrentan otros desafíos como las plagas y la dependencia de semillas importadas. Por ejemplo, cultivos como el brócoli y el cempasúchil provienen de semillas chinas, lo que no solo implica un costo adicional sino también una pérdida de biodiversidad local. Una solución potencial es la creación de bancos de semillas locales que sean resistentes a las condiciones climáticas y requieran menos agua, asegurando así una mayor sostenibilidad y autonomía para los productores.

A pesar de estos desafíos, las chinampas de Xochimilco proporcionan importantes servicios ecosistémicos. Ayudan a regular el clima de la Ciudad de México, actuando como un regulador térmico natural. Además, ofrecen servicios culturales y estéticos que promueven el turismo, una fuente adicional de ingresos para los chinamperos. Sin embargo, el turismo también trae consigo problemas de contaminación, ya que muchos visitantes no respetan el entorno y dejan basura en los canales.

Las chinampas en Xochimilco representan un sistema agrícola y ecológico valioso, pero están amenazadas por múltiples problemas, desde la contaminación del agua y la sobreexplotación de recursos hasta la introducción de especies invasoras y la dependencia de semillas importadas. La preservación y modernización de este sistema ancestral requieren un enfoque integral que considere tanto la conservación ambiental como el desarrollo socioeconómico de las comunidades chinamperas.